有许多因素会影响切割系统的总体运行成本：易损件、电源、气体、维护等。
在全球的大多数地区，人工费用同样是运行成本的一个重要影响因素；人工费用的上涨和熟练工人的缺乏依然是自动化切割解决方案需求的推动因素。要想进一步降低运营成本，可以考虑采用全自动化解决方案，以减少或消除：
- 对 CNC 控制器编程和设置的需求
- 二次加工（如焊接预处理所需的研磨）
- 对利用多台机器执行多项加工作业（如切割、打标和坡口切割）的需求
材料利用率是运行成本的另一个重要影响因素。尽管在许多情况下，可以通过出售未用材料或报废材料收回部分成本，但一开始就通过提高这部分材料的利用率来减少浪费则要有益得多。材料利用率有各种促成因素，其中最值得注意的是 CAD/CAM 软件，它决定零件套料并引导切割运动。
计算运行成本时，必须避免单纯计算每小时成本，而要侧重于计算单位零件成本或单位英尺成本。这是为什么？一个系统每小时运行成本约为 17.96 欧元（20 美元），但每小时只能生产两个零件；另一系统每小时运行成本同样约为 17.96 欧元（20 美元），但每小时能生产 100 个零件。前者的效率远不如后者。
单位零件成本 = 每小时运行成本/生产的零件数量
单位英尺成本 = 每小时运行成本/切割的英尺数
更深入的运行成本评估需要了解生产成品零件的总成本，包括用于为零件做焊接或喷漆准备或只是出于美观目的对零件进行抛光的下游工艺。如果可以通过改良切割工艺来减少下游工艺及其需要的机器时间和人工成本，则可降低单位成品零件总成本。
切割系统中一个常常被忽视的方面是割炬调高控制器 (THC) 的性能。高性能的调高控制器可以通过 CNC 控制器或零件程序进行自动化工艺设置，从而实现以下目的：
- 减少或消除常见设置错误
- 对电极磨损进行补偿，以尽量延长易损件寿命
- 保持适当高度以实现最佳棱角
- 检测割炬碰撞，从而防止割炬损坏