Łączny koszt systemu obejmuje koszt zasilacza i palnika (lub głowicy tnącej w przypadku strumienia wody i lasera), jak również koszt stołu cięcia lub robota, systemu komputerowego sterowania numerycznego (CNC, Computer Numerical Control), oprogramowania używanego do programowania oraz koszt takich innych produktów, jak układ kontroli spalin, układ uzdatniania wody, układ usuwania i recyklingu ścierniwa itp. Zasadniczo najniższymi kosztami kapitałowymi charakteryzują się systemy paliwowo-tlenowe, następne są systemy plazmowe i strumienia wody. Najwyższe koszty towarzyszą systemom laserowym.
Łączny koszt systemu cięcia jednego typu może znacznie się różnić. Na przykład koszt stołu cięcia X-Y dwóch różnych producentów może być zupełnie inny nawet wtedy, gdy obie maszyny wykorzystują ten sam zasilacz plazmy, palnik, kontroler wysokości palnika i system CNC oraz oprogramowanie programujące Hypertherm. W takich przypadkach warto poznać przyczynę różnicy. Czy jeden ze stołów oferuje lepszy układ kontroli ruchu? Czy jedna z maszyn jest produktem bardziej wytrzymałym lub trwałym? Czy jeden z producentów oferuje lepsze szkolenia, usługi i wsparcie posprzedażowe?